Jump to content



  • 0
Sign in to follow this  
аскер

ДНК-проект: общие вопросы

Question

http://vivovoco.nns.ru/VV/JOURNAL/VRAN/03_...7/ETHNOGENE.HTM

Из рис.4 видно, что в целом европеоидные линии встречаются у всех без исключения тюрков и в целом доминируют над монголоидными. Мне кажется это достаточный факт для того, чтобы признать, что европеидность тюркам была присуща изначально и вовсе не является молодым субстратом.

  • Одобряю 1

Share this post


Link to post
Share on other sites

Recommended Posts

  • 0

Да видели, по кзаахам Дмитрий Адамов немного разбирал. По Каракалпакам вроде я рассматривал

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

Гаплогруппы вероятно определить не удалось?

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

На глаз по казахам. С2-М48 много, что понятно с учетом тех родов

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

Материал у них громадный, а информативность низкая. Видимо 10 лет назад и этого было много. Но гаплотипы забивать в предиктор смысла не имеет, к сожалению.

  • Одобряю 1

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

По уйгурам прогнал 217 гаплотипов: R1a= 62, О=18, С=17, Q=16, R1b=16, G=15, J=33 и т.д.

  • Одобряю 1

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

По уйгурам прогнал 217 гаплотипов: R1a= 62, О=18, С=17, Q=16, R1b=16, G=15, J=33 и т.д.

И к кому они ближе ? К киргизам ?

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

Если оценивать весь генофонд целиком, то к уйгурам. :) А так, думаю общие линии найдутся со всеми, и с казахами и кыргызами. Гаплотипы всё равно коротковатые, чтобы сравнивать в ручную. В этой выборке уйгуров большое гаплогруппное и гаплотипное разнообразие. ИМХО.

http://forum-eurasica.ru/index.php?/topic/5133-gaplotipy-ujgurov/?p=190950

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0
  • 0

В этой работе:

http://www.scirp.org/journal/PaperInformation.aspx?PaperID=6248

значение локусов DYS385a/b записывается например: 13-9;14-12;12-10. У меня подозрение, что на самом деле в таблице записано как DYS385 b/a. Есть ли вероятность,что авторы перепутали последовательность?

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

Всё-таки склоняюсь, что значения локуса DYS385 записаны как "b/a", вместо правильного "a/b". Аналогичная ситуация с YCAIIa/b, значения которого записаны как : 26/21, 24/20 или 22/19.

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

Имеется хорошая работа:
http://www.nature.com/ejhg/journal/v23/n10/full/ejhg2014285a.html
http://www.nature.com/ejhg/journal/v23/n10/suppinfo/ejhg2014285s1.html

В ней есть короткие гаплотипы каракалпаков,туркмен,казахов,кыргызов, узбеков, с указанием гаплогруппы. У каракалпаков указывается родо-племенная принадлежность. По туркменам заметен большой процент R1a.

  • Одобряю 2

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

Q1b среди них встречается? Гаплотипы через предиктор не проверяли? 

 

 

UPD Вопрос снимаю. Вспомнил, что смотрел - там было только по 9 маркеров... 

http://forum.molgen.org/index.php/topic,7763.msg276293.html#msg276293

Edited by Шад

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

Жаль , что отсутствует З85 локус, значение предиктора были бы точнее. 

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.3559.html

Punctuated bursts in human male demography inferred from 1,244 worldwide Y-chromosome sequences

G David Poznik, Yali Xue, Fernando L Mendez, Thomas F Willems, Andrea Massaia, Melissa A Wilson Sayres, Qasim Ayub, Shane A McCarthy, Apurva Narechania, Seva Kashin, Yuan Chen, Ruby Banerjee, Juan L Rodriguez-Flores, Maria Cerezo, Haojing Shao, Melissa Gymrek, Ankit Malhotra, Sandra Louzada, Rob Desalle, Graham R S Ritchie, Eliza Cerveira, Tomas W Fitzgerald, Erik Garrison, Anthony Marcketta, David Mittelman, Mallory Romanovitch, Chengsheng Zhang, Xiangqun Zheng-Bradley, Gonçalo R Abecasis, Steven A McCarroll, Paul Flicek, Peter A Underhill, Lachlan Coin, Daniel R Zerbino, Fengtang Yang, Charles Lee, Laura Clarke, Adam Auton, Yaniv Erlich, Robert E Handsaker, The 1000 Genomes Project Consortium, Carlos D Bustamante & Chris Tyler-Smith

Abstract

We report the sequences of 1,244 human Y chromosomes randomly ascertained from 26 worldwide populations by the 1000 Genomes Project. We discovered more than 65,000 variants, including single-nucleotide variants, multiple-nucleotide variants, insertions and deletions, short tandem repeats, and copy number variants. Of these, copy number variants contribute the greatest predicted functional impact. We constructed a calibrated phylogenetic tree on the basis of binary single-nucleotide variants and projected the more complex variants onto it, estimating the number of mutations for each class. Our phylogeny shows bursts of extreme expansion in male numbers that have occurred independently among each of the five continental superpopulations examined, at times of known migrations and technological innovations.

  • Одобряю 1

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.3559.html

Punctuated bursts in human male demography inferred from 1,244 worldwide Y-chromosome sequences

G David Poznik, Yali Xue, Fernando L Mendez, Thomas F Willems, Andrea Massaia, Melissa A Wilson Sayres, Qasim Ayub, Shane A McCarthy, Apurva Narechania, Seva Kashin, Yuan Chen, Ruby Banerjee, Juan L Rodriguez-Flores, Maria Cerezo, Haojing Shao, Melissa Gymrek, Ankit Malhotra, Sandra Louzada, Rob Desalle, Graham R S Ritchie, Eliza Cerveira, Tomas W Fitzgerald, Erik Garrison, Anthony Marcketta, David Mittelman, Mallory Romanovitch, Chengsheng Zhang, Xiangqun Zheng-Bradley, Gonçalo R Abecasis, Steven A McCarroll, Paul Flicek, Peter A Underhill, Lachlan Coin, Daniel R Zerbino, Fengtang Yang, Charles Lee, Laura Clarke, Adam Auton, Yaniv Erlich, Robert E Handsaker, The 1000 Genomes Project Consortium, Carlos D Bustamante & Chris Tyler-Smith

Abstract

We report the sequences of 1,244 human Y chromosomes randomly ascertained from 26 worldwide populations by the 1000 Genomes Project. We discovered more than 65,000 variants, including single-nucleotide variants, multiple-nucleotide variants, insertions and deletions, short tandem repeats, and copy number variants. Of these, copy number variants contribute the greatest predicted functional impact. We constructed a calibrated phylogenetic tree on the basis of binary single-nucleotide variants and projected the more complex variants onto it, estimating the number of mutations for each class. Our phylogeny shows bursts of extreme expansion in male numbers that have occurred independently among each of the five continental superpopulations examined, at times of known migrations and technological innovations.

 

Они не пересеквенировали образцы? Была информация, что все образцы 1000 Genomes Project будут отсеквенированы заново, в более высоком разрешении, и доступны для скачивания в виде BAM файлов. 

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

От Фарруха

http://xn--80acmmcjdjkaga7e.xn--p1ai/download/free/g2v2g2dmkniu

При работе с 17-маркёрными галотипами форматов YFiler-1 и YFiler-2 нередко возникает необходимость конвертировать их в более привычный формат FTDNA, корректируя очерёдность маркёров и значение GATA H4. Занятие оное весьма муторное, поэтому чтобы не морочиться автор этих строк решил сваять простенький экселевский файлик, успешно решающий данную задачу.

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

Я вручную перекладываю в формат ФТДНА. Если файл пдф, то сначала конвертирую в ворд, затем копирую в эксел.

  • Одобряю 1

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

Фильм про Будду.  ;D

3 результата ни о чем не сказали.

Share this post


Link to post
Share on other sites
  • 0

Share this post


Link to post
Share on other sites

Create an account or sign in to comment

You need to be a member in order to leave a comment

Create an account

Sign up for a new account in our community. It's easy!

Register a new account

Sign in

Already have an account? Sign in here.

Sign In Now
Sign in to follow this  

×
×
  • Create New...