Перейти к содержанию
аскер

ДНК-проект: общие вопросы

Рекомендуемые сообщения

Работа относительно старая, но в ней есть приложение с гаплотипами туркмен, узбеков, пуштунов, монгол , кыргызов и таджиков:

Afghan Hindu Kush: Where Eurasian Sub-Continent Gene Flows Converge

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0076748#pone.0076748.s014

Ссылка на комментарий
Поделиться на другие сайты

В этой работе есть гаплотипы каракалпаков,туркмен, узбеков и казахов:

http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(06)02433-X

Правда крайне короткие :(

Ссылка на комментарий
Поделиться на другие сайты

Да видели, по кзаахам Дмитрий Адамов немного разбирал. По Каракалпакам вроде я рассматривал

Ссылка на комментарий
Поделиться на другие сайты

Материал у них громадный, а информативность низкая. Видимо 10 лет назад и этого было много. Но гаплотипы забивать в предиктор смысла не имеет, к сожалению.

  • Одобряю 1
Ссылка на комментарий
Поделиться на другие сайты

Если оценивать весь генофонд целиком, то к уйгурам. :) А так, думаю общие линии найдутся со всеми, и с казахами и кыргызами. Гаплотипы всё равно коротковатые, чтобы сравнивать в ручную. В этой выборке уйгуров большое гаплогруппное и гаплотипное разнообразие. ИМХО.

http://forum-eurasica.ru/index.php?/topic/5133-gaplotipy-ujgurov/?p=190950

Ссылка на комментарий
Поделиться на другие сайты

Ссылка на комментарий
Поделиться на другие сайты

В этой работе:

http://www.scirp.org/journal/PaperInformation.aspx?PaperID=6248

значение локусов DYS385a/b записывается например: 13-9;14-12;12-10. У меня подозрение, что на самом деле в таблице записано как DYS385 b/a. Есть ли вероятность,что авторы перепутали последовательность?

Ссылка на комментарий
Поделиться на другие сайты

Всё-таки склоняюсь, что значения локуса DYS385 записаны как "b/a", вместо правильного "a/b". Аналогичная ситуация с YCAIIa/b, значения которого записаны как : 26/21, 24/20 или 22/19.

Ссылка на комментарий
Поделиться на другие сайты

Имеется хорошая работа:
http://www.nature.com/ejhg/journal/v23/n10/full/ejhg2014285a.html
http://www.nature.com/ejhg/journal/v23/n10/suppinfo/ejhg2014285s1.html

В ней есть короткие гаплотипы каракалпаков,туркмен,казахов,кыргызов, узбеков, с указанием гаплогруппы. У каракалпаков указывается родо-племенная принадлежность. По туркменам заметен большой процент R1a.

  • Одобряю 2
Ссылка на комментарий
Поделиться на другие сайты

Q1b среди них встречается? Гаплотипы через предиктор не проверяли? 

 

 

UPD Вопрос снимаю. Вспомнил, что смотрел - там было только по 9 маркеров... 

http://forum.molgen.org/index.php/topic,7763.msg276293.html#msg276293

Изменено пользователем Шад
Ссылка на комментарий
Поделиться на другие сайты

http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.3559.html

Punctuated bursts in human male demography inferred from 1,244 worldwide Y-chromosome sequences

G David Poznik, Yali Xue, Fernando L Mendez, Thomas F Willems, Andrea Massaia, Melissa A Wilson Sayres, Qasim Ayub, Shane A McCarthy, Apurva Narechania, Seva Kashin, Yuan Chen, Ruby Banerjee, Juan L Rodriguez-Flores, Maria Cerezo, Haojing Shao, Melissa Gymrek, Ankit Malhotra, Sandra Louzada, Rob Desalle, Graham R S Ritchie, Eliza Cerveira, Tomas W Fitzgerald, Erik Garrison, Anthony Marcketta, David Mittelman, Mallory Romanovitch, Chengsheng Zhang, Xiangqun Zheng-Bradley, Gonçalo R Abecasis, Steven A McCarroll, Paul Flicek, Peter A Underhill, Lachlan Coin, Daniel R Zerbino, Fengtang Yang, Charles Lee, Laura Clarke, Adam Auton, Yaniv Erlich, Robert E Handsaker, The 1000 Genomes Project Consortium, Carlos D Bustamante & Chris Tyler-Smith

Abstract

We report the sequences of 1,244 human Y chromosomes randomly ascertained from 26 worldwide populations by the 1000 Genomes Project. We discovered more than 65,000 variants, including single-nucleotide variants, multiple-nucleotide variants, insertions and deletions, short tandem repeats, and copy number variants. Of these, copy number variants contribute the greatest predicted functional impact. We constructed a calibrated phylogenetic tree on the basis of binary single-nucleotide variants and projected the more complex variants onto it, estimating the number of mutations for each class. Our phylogeny shows bursts of extreme expansion in male numbers that have occurred independently among each of the five continental superpopulations examined, at times of known migrations and technological innovations.

  • Одобряю 1
Ссылка на комментарий
Поделиться на другие сайты

http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.3559.html

Punctuated bursts in human male demography inferred from 1,244 worldwide Y-chromosome sequences

G David Poznik, Yali Xue, Fernando L Mendez, Thomas F Willems, Andrea Massaia, Melissa A Wilson Sayres, Qasim Ayub, Shane A McCarthy, Apurva Narechania, Seva Kashin, Yuan Chen, Ruby Banerjee, Juan L Rodriguez-Flores, Maria Cerezo, Haojing Shao, Melissa Gymrek, Ankit Malhotra, Sandra Louzada, Rob Desalle, Graham R S Ritchie, Eliza Cerveira, Tomas W Fitzgerald, Erik Garrison, Anthony Marcketta, David Mittelman, Mallory Romanovitch, Chengsheng Zhang, Xiangqun Zheng-Bradley, Gonçalo R Abecasis, Steven A McCarroll, Paul Flicek, Peter A Underhill, Lachlan Coin, Daniel R Zerbino, Fengtang Yang, Charles Lee, Laura Clarke, Adam Auton, Yaniv Erlich, Robert E Handsaker, The 1000 Genomes Project Consortium, Carlos D Bustamante & Chris Tyler-Smith

Abstract

We report the sequences of 1,244 human Y chromosomes randomly ascertained from 26 worldwide populations by the 1000 Genomes Project. We discovered more than 65,000 variants, including single-nucleotide variants, multiple-nucleotide variants, insertions and deletions, short tandem repeats, and copy number variants. Of these, copy number variants contribute the greatest predicted functional impact. We constructed a calibrated phylogenetic tree on the basis of binary single-nucleotide variants and projected the more complex variants onto it, estimating the number of mutations for each class. Our phylogeny shows bursts of extreme expansion in male numbers that have occurred independently among each of the five continental superpopulations examined, at times of known migrations and technological innovations.

 

Они не пересеквенировали образцы? Была информация, что все образцы 1000 Genomes Project будут отсеквенированы заново, в более высоком разрешении, и доступны для скачивания в виде BAM файлов. 

Ссылка на комментарий
Поделиться на другие сайты

От Фарруха

http://xn--80acmmcjdjkaga7e.xn--p1ai/download/free/g2v2g2dmkniu

При работе с 17-маркёрными галотипами форматов YFiler-1 и YFiler-2 нередко возникает необходимость конвертировать их в более привычный формат FTDNA, корректируя очерёдность маркёров и значение GATA H4. Занятие оное весьма муторное, поэтому чтобы не морочиться автор этих строк решил сваять простенький экселевский файлик, успешно решающий данную задачу.

Ссылка на комментарий
Поделиться на другие сайты

Для публикации сообщений создайте учётную запись или авторизуйтесь

Вы должны быть пользователем, чтобы оставить комментарий

Создать аккаунт

Зарегистрируйте новый аккаунт в нашем сообществе. Это очень просто!

Регистрация нового пользователя

Войти

Уже есть аккаунт? Войти в систему.

Войти


×
×
  • Создать...