Казахский ДНК-проект

[кылышбай]

19 часов назад Zake написал:

Все таки кто из джунгаров ведь переходил на сторону казахов. 

отд. роды или семьи как от ногайцев или каракалпаков навряд ли. лично я считаю генетические "туристы" от ойратов в основном это пленные или кырме через женскую линию. притом пленные по-хорошему должны были фиксироваться

[кылышбай]

В 04.02.2012 в 13:56 asan-kaygy написал:

Данные по казахам и их родам:

http://www.familytreedna.com/public/alash/default.aspx?section=yresults

10 часов назад RedTriangle написал:

Например племя қызай, среди найманов в Китае. Мой один приятель(родился и вырос в Китае) будучи қызаем не считал себя найманом.

а у них (кызаев) какая субклада?

 

 

[RedTriangle]

2 минуты назад кылышбай написал:

а у них (кызаев) какая субклада?

 

 

У кызаев отец был матаем. Я сказал к тому что название очень большого рода идет от мамы. Также алчины(у которых отец не татарин) могли перенять имя/кличка мамы. Қызай тоже не собственное имя, то бишь аналогию привожу.

В данном документе кызаев в списке нет.

 

[кылышбай]

1 минуту назад RedTriangle написал:

У кызаев отец был матаем. Я сказал к тому что название очень большого рода идет от мамы. Также алчины(у которых отец не татарин) могли перенять имя/кличка мамы. Қызай тоже не собственное имя, то бишь аналогию привожу. В данном документе кызаев в списке нет.

 

понял. т.е. они обычные генетические найманы просто название рода от матери

[RedTriangle]

Только что кылышбай написал:

понял. т.е. они обычные генетические найманы просто название рода от матери

так точно

[asan-kaygy]

1 час назад кылышбай написал:

а у них (кызаев) какая субклада?

 

 

Точно не помню. не тестировали в открытых базах данных либо один человек тестировался

[Boris Suvorov]

[Boris Suvorov]

Гаплогруппа и гаплотип – как их определяют?

На сегодня известно 20 основных мужских линий человечества, которые называют Y-гаплогруппами и для удобства обозначают латинскими буквами от A до T.

Эти 20 родов в свою очередь разветвляются на более мелкие подветви – субклады, обозначаемые цифрами и буквами – SNP (single nucleotide polymorphism, однонуклеотидный полиморфизм, «снип»).

Древо основных Y-гаплогрупп человечества

Например, человек гаплогруппы R является носителем снипа M207, а также всех иерархически вышележащих «предковых» снипов – M45, L405, M526, M9 и так далее по восходящей вплоть до Адама. Мужчины, имеющие общие снипы имеют общих предков.

Но носителей общих снипов – миллионы, предки которых жили много тысяч лет назад! Как же выделить среди них какую-то отдельную группу близких родственников? Чтобы ответить на этот вопрос нужно протестировать Y-гаплотип.

Y-гаплотип представляет собой совокупность маркёров, которая позволяет найти людей, которые являются друг другу близкими родственниками. Всего на игрек-хромосоме известно свыше 700 маркёров, но для исследований обычно используют только их часть.

Рассмотрим гаплотип, включающий в себя 18 маркёров хромосомы:

Маркёр

393

390

19

391

385a

385b

439

389-I

392

389 II

447

437

448

449

456

576

438

635

Значение

13

24

15

11

11

14

10

13

11

30

24

14

20

32

16

17

11

24

Наименование маркёра говорит о его координате в игрек-хромосоме и повторяющегося фрагмента (мотива) цепочки азотистых оснований. В каждом маркёре расположены аллели, состоящие из тандемных повторов – повторяющихся комбинаций четырёх азотистых оснований (тетрануклеотид) – аденина (A), гуанина (G), цитозина (C), тимина (T).

Например, маркёр DYS393 располагается в позиции 3131152 прямой последовательности игрек-хромосомы (версия GRCh37/hg19). Его тетрануклеотид – AGAT (аденин-гуанин-аденин-тимин). В нашем примере DYS393=13. Это значит, что его повторяющийся мотив включает 13 тандемных повторов и выглядит следующим образом:

AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT.

Различие между мужчинами может быть только в числе повторов. По современным данным, в локусе DYS393 наблюдается от 9 до 17 повторов (в нашем примере – 13).

Если у двух мужчин Y-гаплотипы совпадают, то это означает, что они родственники и происходят от одного предка.

Если совпадают 18 маркёров, то их предок жил от 1 до 250 поколений назад. Иначе говоря, это может быть как родной брат (или сын), так и человек, ближайший общий предок с которым жил более 6 тыс. лет назад. Как видим, диапазон очень широкий и лежит вне пределов непрерывного существования большинства современных народов. Чтобы сократить этот временной размах, нужно протестировать большее число маркёров – скажем, не 18, а 27. И если у двух мужчин совпадают 27 маркёров, то диапазон возраста ближайшего общего составляет уже от 1 до 160 поколений назад, т. е. в пределах последних 4 тыс. лет, что вписывается в рамки возникновения цивилизаций и народов.

Что такое гаплогруппа, гаплотип, субклад, маркеры и снипы.
 Есть всего две «координаты», или системы, в ДНК исследованиях.

 Одна – основана на необратимых мутациях. Это – гаплогруппы, субклады, снипы.

 Другая – на обратимых мутациях. Это – гаплотипы, маркеры, аллели.

Первая система.  Если  к примеру  у вас – гаплогруппа I, ее следующий уровень – гаплогруппа I2, следующий уровень – гаплогруппа I2a, следующий – гаплогруппа I2a1, и так далее, сотни уровней.  Это все – гаплогруппы, но для простоты то, что ниже верхней, гаплогруппы I, называют субкладами. Поэтому I2 – это субклад гаплогруппы I, хотя I2 обычно называют тоже гаплогруппой.  У каждой гаплогруппы есть свой снип, это – необратимая (то есть вечная) мутация, которая гаплогруппу характеризует. Гаплогруппа I – это снип М170, гаплогруппа I2 (она же субклад) – снип М438, он же М170-М438, и так далее. Так можно опускаться до любого уровня, всё более детализируя.

Другая система, связанная с первой – это  гаплотип. Гаплотип – это последовательность маркеров. Если, в вашем гаплотипе – 17 маркеров, то есть 17 фрагментов ДНК (Y-хромосомы). Каждый из них показывается числом, которое показывает, сколько раз этот фрагмент повторяется в ДНК. Каждое число (аллель) в Вашем гаплотипе показывает, сколько раз в маркере повторяется определенный фрагмент. Поскольку 17 маркеров – это немного, то такой же гаплотип встречается и у других, но редко. Если у кого-то еще такой же гаплотип – это может быть или родственник, или случайное совпадение. Если у того, у кого такой же гаплотип, цепь снипов такая же – I-M170 > M438 > P37.2 > M423 > L621 > CTS10936 > CTS10228 > Z17855, то это ваш довольно близкий родственник. Если цепочка другая – это простое совпадение гаплотипов.

Маркеры – участки в ДНК (например, DYS393), им соответствуют числа в гаплотипе.

 

Уважаемые  форумчане  вы  молчите  по  поводу  надо  или  не надо  выставлять  материалы  о  простых  понятиях исследования ДНК  Y - хромосомы.

Считая,  что молчание знак  согласия,  продолжаю .  С  уважением  B.S

[Курсант]

3 часа назад Boris Suvorov написал:

 

Считая,  что молчание знак  согласия,  продолжаю .  С  уважением  B.S

в гаплотипе к примеру   13 25 15 10 12-13 11 и далее - числа ,  маркерами называют?

[asan-kaygy]

9 часов назад Shymkent написал:

в гаплотипе к примеру   13 25 15 10 12-13 11 и далее - числа ,  маркерами называют?

Вот жесть )))

Это не маркеры а тандемные повторы, а их позиции это маркеры

[Boris Suvorov]

11 часов назад Shymkent написал:

в гаплотипе к примеру   13 25 15 10 12-13 11 и далее - числа ,  маркерами называют?

Я  здесь  очень  кратко  скомпоновал  важные  выдержки, поэтому  почти  каждое  предложение  имеет  значение.  Вообще  мозг  людей  воспринимает  не более  30%  от прочитанного  первый раз,  у  каждого  индивидуально. Поэтому,  чтобы   четко  понять  требуется  прочитывать  от 3  до  5  раз  желательно  с перерывами. Поэтому  лично  я  читаю  несколько  раз  внимательно,  рисуя  схему (или  просто  рисунок),  если  это  важный  материал.

А  ответ  из  выдержки в  предложении:

Например, маркёр DYS393 располагается в позиции 3131152 прямой последовательности игрек-хромосомы (версия GRCh37/hg19). Его тетрануклеотид – AGAT (аденин-гуанин-аденин-тимин). В нашем примере DYS393=13. Это значит, что его повторяющийся мотив включает 13 тандемных повторов и выглядит следующим образом:

AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT.

 

Тандемные  повторы  по другому  называют  аллелями. Почему  тандемные(двойные)  потому, что  эти  четыре  вещества  сцеплены  попарно. В  нашем  примере  AG  AT  и  они  повторяются  13  раз.  

Всегда  трудно  осваивать  ОСНОВЫ (как к  примеру  Алфавит  и.т.д)  так  как  надо  запоминать. Если,  человек  этим  занимается  ежедневно  он  автоматически  все  запоминает.

[Курсант]

6 часов назад Boris Suvorov написал:

Я  здесь  очень  кратко  скомпоновал  важные  выдержки, поэтому  почти  каждое  предложение  имеет  значение.  Вообще  мозг  людей  воспринимает  не более  30%  от прочитанного  первый раз,  у  каждого  индивидуально. Поэтому,  чтобы   четко  понять  требуется  прочитывать  от 3  до  5  раз  желательно  с перерывами. Поэтому  лично  я  читаю  несколько  раз  внимательно,  рисуя  схему (или  просто  рисунок),  если  это  важный  материал.

А  ответ  из  выдержки в  предложении:

Например, маркёр DYS393 располагается в позиции 3131152 прямой последовательности игрек-хромосомы (версия GRCh37/hg19). Его тетрануклеотид – AGAT (аденин-гуанин-аденин-тимин). В нашем примере DYS393=13. Это значит, что его повторяющийся мотив включает 13 тандемных повторов и выглядит следующим образом:

AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT.

 

Тандемные  повторы  по другому  называют  аллелями. Почему  тандемные(двойные)  потому, что  эти  четыре  вещества  сцеплены  попарно. В  нашем  примере  AG  AT  и  они  повторяются  13  раз.  

Всегда  трудно  осваивать  ОСНОВЫ (как к  примеру  Алфавит  и.т.д)  так  как  надо  запоминать. Если,  человек  этим  занимается  ежедневно  он  автоматически  все  запоминает.

согласен с вами, поначалу трудно сразу все понять , отсюда возникают вопросы

большое вам спасибо за разьяснение 

а как понять локус ?

 

[Boris Suvorov]

2 часа назад Shymkent написал:

согласен с вами, поначалу трудно сразу все понять , отсюда возникают вопросы

большое вам спасибо за разьяснение 

а как понять локус ?

 

Более  всего  в  русле  нашей  темы  подходит  следующее  определение;

ЛОКУС  -  Местоположение данной мутации или гена на  генетической карте. Часто используется вместо терминов «мутация»… …

[Курсант]

1 минуту назад Boris Suvorov написал:

Более  всего  в  русле  нашей  темы  подходит  следующее  определение;

ЛОКУС  -  Местоположение данной мутации или гена на  генетической карте. Часто используется вместо терминов «мутация»… …

генетическая карта это что ? гаплотип ?

[Boris Suvorov]

Нет  генетическая  карта  это  последовательность(цепочка)  той  части  ДНК  Y -  хромосомы, которая исследуется.  Выше  писалось: - Всего на игрек-хромосоме известно свыше 700 маркёров, но для исследований обычно используют только их часть.  

Так  которые  исследованы  и определены  имеют  свое  определенное  место  в  цепочке ДНК  и соответственно  для  них  имеются  ферменты  которые  их  определяют.

Вообще  современный  процесс  как  исследуют  ДНК  достаточно  сложный  с  применением  в  том  числе  и нанотехнологии.  Могу  конечно  кратко  выложить,  но  в  принципе  это  вряд  ли  пригодится.  

Главное  четко  знать  общие - основные  понятия  и  названия  и  места  маркеров.  То есть  если,  вы  сможете  по  SNP  мутации  определить гаплогруппу (субклад)  до  самого  нижнего  уровня (по  результатам  тестирования),  а затем  и  гаплотип  по  STR  повторам,  тогда  все должно  сложиться.  Естественно  тест  должен  быть  информативный -  желательно  67  и выше   маркеров.

[Boris Suvorov]

В 30.03.2018 в 20:19 Boris Suvorov написал:

Теперь  рассмотрим  дерево  гаплогрупп  с  точки  зрения  антропологии  с  допусками,  приближенно.

На  самом  верху  дерева 1 - негроиды  гапл. А,  затем  2 - арабы  гапл. Е,  далее  3 - монголоиды  гапл С,  следом  4  -  ираноиды гапл. G,  потом   5  -   славяне  гапл. I,   и  в  самом  низу  дерева  6,7,8  -  индейцы  Америки  гапл.Q,   европейцы   гапл. R,  азиаты  гапл.  N,O.

Интересное  тут  с  точки  зрения  антропологии  -  при смешанных  браках  признаки  негроидной  расы  чаще  преобладают  над  остальными  до  примерно  83%,    затем  преимущество  монголоидной  расы  до  66%........

Теперь  представим, что  монголоид  с   гапл.  С  попадает  в  Швецию  и  женится   на  европейке,  и у  них  рождается   сын.

Аутосомно  их  сын  будет  наследовать  30%  ген  от  отца,  30%  от  матери  и  40%  будет  иметь  своих  смешанных.  Значит  в  его собственных 40%  ген  монголоидные  будут  составлять  40х 0,66 = 26,4%.  В  общем  он  будет  иметь  30% + 26,4% =56,4 %  монголоидных  ген  аутосомно. Это  в  первом  поколении.

Если от этого  первого  сына  родится  снова  сын  от  европейки,  то  тогда   он  уже  будет  иметь  аутосомно  монголоидных  ген.

30% х  0,564 =  17%   и   своих  ген  40% х 0,66 х 0,564 = 15% ,  что  в  общем  составит  уже 32%  монголоидности  во  втором   поколении.

В  третьем  поколении  сын  сына  уже  будет  иметь  30%х 0,32 = 9,6%   и  своих  40% х 0,66  х 0,32  = 8,5 %   что в  общем 18%   в  третьем  поколении

Получается  если  любой  человек или  группа  родственников,  которым  нельзя  вступать  в  брак  до  7  колена  друг  с другом  попадет  в  другую  популяцию  с  ними  произойдут  антропологические  изменения  показанные  мною  выше   в расчетах.  В  седьмом  поколении  это  будут  уже  совершенно  другие  люди  антропологически.

[Samtat]

Надо было бы открыть отдельную тему , чтобы не оффтопить. В противном случае все эти сообщения со временем затеряются. Возможно модеры смогут выделить их в самостоятельный топик.

[Boris Suvorov]

5 минут назад Samtat написал:

Надо было бы открыть отдельную тему , чтобы не оффтопить. В противном случае все эти сообщения со временем затеряются. Возможно модеры смогут выделить их в самостоятельный топик.

Боюсь  специалисты  по  таким  темам  не  будут  участвовать  в  этих  обсуждениях  и  по сему  не  будет  интереса. Также  как  по  генетике  мало  кто  объясняет  основы.

Считаю  осведомленность  в  целом  всех  юзеров  должна  повышаться  с  тем чтобы  обсуждения  становились  более  предметными  и  интересными,  не так ли ?

[Мадьяр]

Не думаю что первые монголоиды были с гаплогруппой С. Гаплогруппа С это береговой клан, кроме субклада С2, другие представители это арабы, дравиды, папуасы, аборигены австралии. Субклад С2 где то видел попал в Центральную Азию около 20тыс.лет назад. В то время  там уже несколько тысячелетями жили люди из парагруппы P(R,Q) и NO, так что вероятнее всего первые представители были из парагрупп NO и Р. Сорри за оффтоп

[Boris Suvorov]

2 часа назад Мадьяр написал:

Не думаю что первые монголоиды были с гаплогруппой С. Гаплогруппа С это береговой клан, кроме субклада С2, другие представители это арабы, дравиды, папуасы, аборигены австралии. Субклад С2 где то видел попал в Центральную Азию около 20тыс.лет назад. В то время  там уже несколько тысячелетями жили люди из парагруппы P(R,Q) и NO, так что вероятнее всего первые представители были из парагрупп NO и Р. Сорри за оффтоп

Возможно,  у  меня  нет данных  по  палео-ДНК  и  антропологии,   но  я  хотел   не  это  сказать,  не зря  там  моя  оговорка "с  допусками,  приближенно."

Я  просто  хотел  показать, что  в  течение  даже  одного  столетия  может  сильно  измениться  антропология.   А  главный  вывод  Y -  хромосома  не  связана  ни  с  антропологией  и  естественно  с языком  и  даже  не  всегда  можно  привязать  к  определенной  территории. Но  она  дает  возможность  проследить  за  движением  племен.

Возможно  более  активное  изучение  Х- хромосомы  по  женской  линии  может  принести  интересные  результаты  по  территориальному  размещению  племен (учитывая  также,  что  матриархат  существовал  не  так  давно  и  движение  женских  частей  популяций  менее  активно,  чем  мужских -  воинов)

[wozaixuexi]

Вышло четыре гаплотипа из шести, приглашаю всех в проект ознакомиться с ними. 

Вторая страница, несгруппированные киты с пометкой инвойс "IN".

Субклады R-M173, N-M231, C-M48.

[asan-kaygy]

Шикарно.

Два (байулы) относится к алшинскому кластеру

Толенгут кыпчакского происхождения.

Тана совпадает с другим Тана.

[asan-kaygy]

Еще один Аргын
600037
Mr. Osman Serekbay             G-M201    
Ungrouped
13    23    13    10    13-17    11    12    14    14    12    29    15    9-9-9    11    11    24    16    22    27    13-13-14-15-15-16    9    10    20-20    16    13    19    19    35-35-37    11    10    11    8    16-16    8    11    10    8    11    10    12    20-21    14    10    12    12    18    8    12    23    21    14    12    11    13    10    11    11    11        

[asan-kaygy]

Казах из рода Толенгут,
По легенде потомок торгоутского Тайши
600042
C-M216    
Ungrouped
13    24    16-17    9    12-12    11    12    11    14    11    31    

[asan-kaygy]

17 часов назад asan-kaygy написал:

Шикарно.

Два (байулы) относится к алшинскому кластеру

Толенгут кыпчакского происхождения.

Тана совпадает с другим Тана.

Что бы было понятно

Два алшина из Алшинского кластера
IN12177
KZ Kazak    Bayuly, Zhappas Syuitkul   Russian Federation      
Ungrouped
13   25   16   10   12-12   11   13   11   14   11   31                                                                                                                                                                                                                                                                                    
IN11925
KZ Kazak    Bayuly, Sherkesh Kashkyn   Russian Federation      
Ungrouped
13   25   16   10   12-12   11   13   12   13   11   30