Шад
-
Постов
141 -
Зарегистрирован
-
Посещение
-
Победитель дней
4
Тип контента
Информация
Профили
Форумы
Галерея
Сообщения, опубликованные Шад
-
-
Q-M378 имеет возраст порядка 6 тысяч лет. Тогда еще не существовало ни уйгур, ни хазар, ни ашкеназов:)
https://yfull.com/tree/Q-M378/Соответственно, все выкладки, содержащиеся в тексте с проекта FTDNA "Qasar/Khazar/Kosa/Gesa Clan of Xiongnu/Tiele", мягко говоря, лишены оснований.
-
По ссылке ( http://link.springer.com/article/10.1007/s00414-016-1433-1 ) есть Supplementary material, где есть таблица с данными по выборке в формате Y-23
Supplementary material
-
1
-
-
http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.3559.html
Punctuated bursts in human male demography inferred from 1,244 worldwide Y-chromosome sequences
G David Poznik, Yali Xue, Fernando L Mendez, Thomas F Willems, Andrea Massaia, Melissa A Wilson Sayres, Qasim Ayub, Shane A McCarthy, Apurva Narechania, Seva Kashin, Yuan Chen, Ruby Banerjee, Juan L Rodriguez-Flores, Maria Cerezo, Haojing Shao, Melissa Gymrek, Ankit Malhotra, Sandra Louzada, Rob Desalle, Graham R S Ritchie, Eliza Cerveira, Tomas W Fitzgerald, Erik Garrison, Anthony Marcketta, David Mittelman, Mallory Romanovitch, Chengsheng Zhang, Xiangqun Zheng-Bradley, Gonçalo R Abecasis, Steven A McCarroll, Paul Flicek, Peter A Underhill, Lachlan Coin, Daniel R Zerbino, Fengtang Yang, Charles Lee, Laura Clarke, Adam Auton, Yaniv Erlich, Robert E Handsaker, The 1000 Genomes Project Consortium, Carlos D Bustamante & Chris Tyler-Smith
Abstract
We report the sequences of 1,244 human Y chromosomes randomly ascertained from 26 worldwide populations by the 1000 Genomes Project. We discovered more than 65,000 variants, including single-nucleotide variants, multiple-nucleotide variants, insertions and deletions, short tandem repeats, and copy number variants. Of these, copy number variants contribute the greatest predicted functional impact. We constructed a calibrated phylogenetic tree on the basis of binary single-nucleotide variants and projected the more complex variants onto it, estimating the number of mutations for each class. Our phylogeny shows bursts of extreme expansion in male numbers that have occurred independently among each of the five continental superpopulations examined, at times of known migrations and technological innovations.
Они не пересеквенировали образцы? Была информация, что все образцы 1000 Genomes Project будут отсеквенированы заново, в более высоком разрешении, и доступны для скачивания в виде BAM файлов.
-
Дальше не типировали. Я писал авторам, но пока ответа нет. У них видимо свои планы, приоритеты и технические возможности.
Тут только ждать.
-
1
-
-
Q1b среди них встречается? Гаплотипы через предиктор не проверяли?
UPD Вопрос снимаю. Вспомнил, что смотрел - там было только по 9 маркеров...
http://forum.molgen.org/index.php/topic,7763.msg276293.html#msg276293
-
Жаль, что нет дополнительных материалов. У них в качестве ссылочных материалов стоит:Hierarchical Y-SNP assay to study the hidden diversity and phylogenetic relationship of native populations in South America
Может оттуда взяли данные?
Сомневаюсь. Похоже, что это данные оригинального полевого исследования. Скорее всего использовали какую-то собственную нотацию. Или опечатка.
Надеюсь, что авторы не отвечают не по причине, что после нахождения опечатки сделали харакири
)-
1
-
-
Y-chromosome lineage in five regional Mongolian populations
Toshimichi Yamamoto *, Tomoki Senda, Daiki Horiba, Masayoshi Sakuma,
Yuuka Kawaguchi, Yuuichi Kano
http://www.fsigeneticssup.com/article/S1875-1768(13)00134-0/pdf
Загадочная статья. Непонятно что авторы именуют Q1b. Причем письменные запросы игнорируют.
-
Уважаемый Nimissin на Молгене тоже поделился своим мнением по предикции уйгурских гаплотипов:
http://forum.molgen.org/index.php/topic,8791.msg330258.html#msg330258
-
1
-
-
А это чей предиктор?
Сербы разработали
Интернет-версию Предсказателя Y-ДНК НЕВГЕН разработали Милош Четкович Гентула и Ацо Невски в рамках Сербского ДНК-проекта, 2015 год -
Аsan-kaygy, у вас предиктор Урасина нормально работает? У меня не выдаёт результаты.
Он-лайн версия давно не работает и перспектив восстановления не просматривается.
Лучше воспользоваться NevGen
-
1
-
-
-
1
-
-
Y-chromosome diversity in the Kalmyks at the ethnical and tribal levelsMalyarchuk et al. 2013The Mongolic-speaking Kalmyks currently inhabiting the steppes of the Volga region have Central Asian ancestry and are organized into the tribal groups. The genetic relationships among these tribes and their origin have remained obscure. We analyzed 17 short tandem repeat and 44 binary polymorphisms of Y-chromosome in 426 individuals mainly from three major tribes of the Kalmyks (the Torguuds, Do¨rwo¨ds and Khoshuuds). Among these tribes, the Do¨rwo¨ds and Torguuds, as well as the Kalmyks collectively as an ethnic group, showed relatively close genetic affinities to each other and to the Mongols and Altaian Kazakhs, whereas the Khoshuuds were clearly separated from all of them, gathering with the Manchu, Tibetans or Evenks (depending on the algorithm used to calculate genetic distances). The genetic results also indicate that paternal gene flow from East Europeans to the Kalmyks is very little, despite their cohabitation in the North Caspian Steppe during the last 380 years. The occurrence of unique cluster of N1c-Tat haplotypes in the Khoshuuds, which dates to about 340 years and is likely to have East European ancestry, is considered as a result of interethnic contacts occurred soon after the appearance of the Kalmyk tribes in the Volga-Ural region.Journal of Human Genetics (2013) 58, 804–811; doi:10.1038/jhg.2013.108; published online 17 October 2013 -
Продолжу про Q1a из той же работы Allentoft et al 2015
RISE493 Sabinka 2 Karasuk 1500-1400 годы до н.э. (бронзовый век)
RISE600 Verh-Uimon (железный век, нет точной датировки)
RISE601 Verh-Uimon ((железный век, нет точной датировки)http://forum.molgen.org/index.php/topic,3471.msg298722.html#msg298722
-
В этой таблице дана полная раскладка по гаплогруппам, археологическим культурам и могильникам по всем образцам из работы Allentoft et al. 2015
-
1
-
-
Не знаю.
недавно был на семинаре у наших археологов. они совместно с корейцами провели генетические анализы одного захоронения из Гол-Мод. По резултатам останки немного европеидного мужчины дали результат R1a, близкое сходство имеющего с брахманами из Индии. Они думают что он бы юэчжийсцем. И говорят что в последнее время довольно часто находят таких R1a.
А почему именно юэчжи? Они же по историческим сведениям локализуются восточнее Ганьсу?
Кстати, а Q1b они случайно не находили?
Если интересно - посмотрите вот эту статью, где дана обширная цитата из работы китайского генетика, исследовавшего захоронения в районе озера Баркёль и обнаружившего там носителей этой гаплогруппы. Автор процитированного исследования ассоциирует их с юэчжами.Что интересно - Q1b также найдена у брахманов Сарасвати. Хотя, возможно, что это и другой субклад.Жаль, но новостей по более глубокому типированию баркёльских Q1b нет.
-
Возможно это будет кому-то интересно.
Протестирован потомок династии Тан (не уверен, что это так, но он сам считает себя таковым).
Сегодня заказал тест на Y12 для документального представителя династии Тан.Он бизнесмен, но сам ни заказывать ни оплачивать вообще не хочет - не понимает (или я плохо объясняю).Основатель династии считается Ли Юань.Легендарным пращуром считается Лао Цзы, но тут уже только легенда насколько мне известно.Сегодня пришел результат
O-M175http://forum.molgen.org/index.php/topic,1686.msg297450.html#msg297450
-
Не уверен, что вопрос в эту тему... Хотя по географическому охвату это как раз тот регион, где гораздо позже возникли Кумул и Турфан.
У Бичурина упоминается народ че-шы, обитавший в Турфане и районе Баркёля.
В последнее время пред христианскою эрою восточная оконечность Небесных гор находилась под Тюркским княжеством Гушы. Китайский двор, при первом покорении восточного Тюркистана в 104 году до Рожд. Христ., разделил Гушы на два княжества: Чешы переднее и Чешы заднее 3. Первое из них занимало земли нынешнего Турпанского княжества на южной, а второе занимало земли от Баркюля к западу до Хурь-хара-усу по северную сторону Небесных гор. Владетель переднего Чешы имел пребывание в городе Гяо-хэ-чен 4, а владетель заднего Чешы жил в долине Уту, лежавшей в нынешнем уезде Ки-тхай. Первобытные жители обоих Чешы были коренные Тюрки, и тогда все народонаселение переднего Чешы не простиралось выше 700, а заднего Чешы выше 527 семейств.
К сожалению, в исторической литературе советского периода этот народ вообще не упоминается. Возможно, что произошло замещение этого термина, каким-то другим... Или он вообще выпал из поля зрения.
Буду благодарен за подсказку по исследованиям казахских историков в этой области. И вообще любую информацию по данному вопросу. Например - какие современные географические ориентиры у упомянутых выше Хурь-хара-усу и долины Уту...
-
У кого то есть информация про гаплогруппу казахских ходжей.
Есть Q1b. Причем из субклада Q-Y2250, характерного для Ирана. Это как раз тот случай, когда генетика хорошо подтверждает семейные предания.
-
1
-
-
Салам Алейкум!Приветствую всех местных форумчан.Вот зарегался специально чтобы задать вам вопрос по генеалогии.Заранее скажу что я совсем новичок, мало что знаю, понимаю об этих гаплогруппах, снипах итд. Для меня все это пока непонятные термины.Я уже задавал свой вопрос на одном из российских форумов, но там почему то не получил ответ, а потом нашел эту тему.Так вот, сам я по национальности кыргыз, живу в Канаде, здесь есть несколько компаний которые занимаются днк тестами, но я заказывал ДНК тест от 23andMe.Вот только несколько дней назад я получил первые результаты, и у меня по отцовской линии вышло: R1a1a, а по материнской линии K1.Но я заметил что гаплогруппа R1a1a имеет кучу разных веток. А вот информации о своей ветке я никак не могу найти в моих результатах, там говорится что у меня R1a1a и все. Как можно об этом узнать?через инструмент Haplogroup tree Mutation Mapper я могу видеть о мутациях которые ко мне имеют отношения.Можно ли по этим данным определить какой ветке R1a1a я принадлежу?Привожу сюда свой скриншот, буду благодарен если подскажите.Если же здесь таких данных нет, то не могли бы посоветовать откуда можно заказать более подробный тест? Заранее спасибо!
Хотел ответить сам, но увидел, что это уже сделал уважаемый Nimissin
В Вашем списке мутаций, к сожалению, отсутствуют молодые мутации. Самые поздние в списке M17 и M198 образовались более 8400 лет назад.
http://www.yfull.com/tree/R1a/
Боюсь, что чип 23andMe не "заточен" под ветви R1a1 киргизов. Основных ветвей R1a1 у киргизов две, обе внутри гаплогруппы R1a1-Z93.
Более подробную информацию можно получить из недавней статьи Karmin et al (2015)
http://genome.cshlp.org/content/early/2015/03/13/gr.186684.114.abstract
Данные по кыргызам в Supplemental Material.
Смысл ответа: чип 23andMe не позволяет глубоко типировать гаплотип. Поэтому для целей определения принадлежности к конкретным подветвям R1a он бесполезен.
Есть много других вариантов, но их выбор зависит от Вашего желания "погрузиться" в эту тему и от финансовых возможностей.
Самый оптимальный вариант (с точки зрения перспективы изучения собственной У-хромосомы и общественной пользы) это заказать полный сиквенс У-хромосомы. Бюджет этого мероприятия - минимум 475 долларов. Позволит определить все мутации, открыть новые и вообще крупно поспособствовать изучению киргизской ветви R1a.
Смотрите в таблице тесты типа BigY и Y Elite
http://isogg.org/wiki/Y-DNA_SNP_testing_chart
Самый дешевый вариант - компания YSEQ. Проверить отдельные мутации (снипы, SNP) выявленные у киргизов. Для начала Z2125. Всего 17,5 доллара.
http://www.yseq.net/product_info.php?products_id=774
Вопросы лучше пишите на том форуме. Я здесь бываю, к сожалению, не так часто как хотелось бы. На несколько форумов времени не хватает.
-
1
-
-
Имеют ли туркмены из афганской провинции Джаузджан (Jawzjan) какие-либо особенности этногенеза?
У них выявлен 31% гаплогруппы Q-M25
http://forum.molgen.org/index.php/topic,3471.msg204535.html#msg204535
Интересно - след какого народа в генофонде туркмен нашел такое проявление?
Узбекские туркмены (данные Эстонского биоцентра, опубликованные в работе Karmin et al. 2015) оказались Q-L713.
Ближайшее окружение - балкарцы/дигорцы Q-L715 и европейские Q-L713 (польские аристократы, венгерские секлеры).
-
Ищу контакт с монгольскими популяционными генетиками.
Недавно в работе японских ученых появилась информация о наличии гаплогруппы Q1b среди монголов.
Y-chromosome lineage in five regional Mongolian populations
Toshimichi Yamamoto, Tomoki sending, Daiki Horiba, Masayoshi Sakuma, Yuuka Kawaguchi, Yuuichi KanoDepartment of Legal Medicine and
Bioethics, Graduate School of Medicine, Nagoya University, Japan, 2013Загадка в том, что никаких подробностей на этот счет нет. Исходные данные не опубликованы и результаты не комментируются авторами.
Все более ранние работы ничего подобного не показывают. Например:
Mongol/Central Mongolia (Di Cristofaro et al. 2013)
1/18 = 5.6% Q1a1a1-M120
1/18 = 5.6% Q1a1b-M25
Mongol/Northwest Mongolia (Di Cristofaro et al. 2013)
1/97 = 1.0% Q-M242(xQ1a1a1-M120, Q1a1b-M25, Q1a2-M346, Q1b1-M378)
1/97 = 1.0% Q1a1a1-M120
5/97 = 5.2% Q1a2-M346
Mongol/Southeast Mongolia (Di Cristofaro et al. 2013)
1/23 = 4.3% Q-M242(xQ1a1a1-M120, Q1a1b-M25, Q1a2-M346, Q1b1-M378)Хотя работа Yamomoto at al. 2013 существенно серьезнее по объему выборки:
Q1b
Ulaangom 3,2% из 95
Dalandzadgad 2% из 100
Ulaanbaatar 3,1% из 97
Undurkhaan 2,4% из 84
Choibalsan 3.4% из 117
При этом странно, но другие субклады Q вообще не упомянуты. Я бы считал это недоразумением (или как вариант - использование авторами статьи своей оригинальной нотации, не совпадающей с общепринятой), если бы не вот это:
Y Chromosomes of 40% Chinese Descend from Three Neolithic Super-Grandfathershttp://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371%2Fjournal.pone.0105691
sample YCH1 Han Chinese from Inner Mongolia
YCH1 is L275+ (F3121+, F3193+, F3207+, F3498+, F3621+, F3675, etc.) and positive for F1213, F1349, F1594, F1734, F1780, F1836, F1839, F2230, F2877 and L215/S325 (Q-M378 level).
(простите за самоцитирование с Фейсбука)
Таким образом, во Внутренней Монголии выявляются единичные случаи Q-M378* среди ханьского населения (скорее всего, китаизированных кочевников).
Поэтому возможно, что японские исследователи не ошиблись. Хотя... это означает почти невероятный факт расхождения с данными предыдущих исследователей.
Поэтому и нужна помощь местных популяционных генетиков. Чтобы разобраться.
-
Статья в целом не про палеоДНК, но в качестве приложения дан полный перевод фрагмента китайской диссератации.
Про древние Q1b в Притяньшанье.
Обзор последних изменений филогенетической структуры гаплогруппы Q1b по данным полного сиквенса Y-хромосомыGurianov et al., 2015
-
Вот пример как это выглядит для гаплогруппы С
-
В среднем Биг У показывает 1 мутацию на 4 поколения.
Статья, показывающая практические аспекты расчета возраста субкладов и гаплогрупп.
Константа скорости SNP мутаций Y-хромосомы по данным полного секвенированияAdamov et al., 2015
Хазары и династия Ашина
в Тюркские народы
Опубликовано
https://yfull.com/tree/Q-Y2990*/
Кожа